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同时，朱由检令李邦华和刘芳亮带旨意给徐州总兵官高杰所部。
命高杰所部立即会同刘芳亮所部一起剿除刘良佐所部。
由大学士李邦华为督师，统一指挥剿除刘良佐所部的战事。
朱由检之所以让李邦华以内阁大学士之尊指挥刘芳亮和高杰所部剿除刘良佐。
是有着多方面的考虑的。
首先，刘良佐为祸凤阳寿州一带，几乎造成这一带十室九空，百姓们困苦不堪。
且刘良佐又非朱由检的嫡系军队。
所以，不得不铲除。
其次，在抵达南京后，朱由检要想在东林党居多的江南站稳脚跟，必须有自己的心腹重臣，而且是不被南方官员所影响的重量级心腹重臣。
随自己一同南撤又同自己一起参与招降刘芳亮、诛杀刘泽清计划的兵部尚书李邦华无疑是朱由检值得培养的心腹。
这也是朱由检要在南渡之前提拔李邦华入阁的原因。
若不然，等到南渡长江后，朱由检再想让李邦华入阁肯定会遭到东林党等南方系官员的反对。
那时候，再让李邦华入阁并帮助自己打压东林党势力的难度肯定会增加。
而让李邦华以大学生之尊统一指挥剿除刘良佐的战事，却不直接让凤阳总督马士英做督师，也是要让李邦华趁剿除刘良佐的战功再刷刷声望并积累实战指挥经验。
朱由检不认为李邦华已经是一名合格的兵部尚书。
毕竟李邦华还没有实践过如何调度兵马钱粮和协调各路将领指挥一场战争。
只要李邦华成功地指挥了剿除刘良佐的战役。
朱由检也可以名正言顺地在到达南京后让他继续担任兵部尚书这一要职。
而被东林党所倚重的史可法也不好相争。
至于凤阳总督马士英。
虽说朱由检知道他有领军之才，但朱由检也知道他诡诈颇多，且权欲过大。
而刘良佐是他的嫡系军队，因而朱由检不可能指望他马士英去把自己的嫡系军队给剿除。
当然，马士英本人，朱由检打算在到达南京后还是要重用的。
凭马士英作为阉党背景且与东林党水火不容这点再加本人也有一定军事才能且后来也抗清不降而死算得是一名忠臣。
朱由检不得不用。
不过，现在朱由检还不想直接表示出要重用马士英的意思。
毕竟，自己这个皇帝还未到江南站稳脚跟，还需要南方东林党官员的拥护。
如果现在直接调马士英来自己这个天子身边做事，只怕让东林党提前对自己产生警觉之心。
为避免马士英这个凤阳总督给李邦华率刘芳亮和高杰两部人马剿除刘良佐的战事掣肘。
朱由检直接下旨对马士英明升暗降，将其升为兵部左侍郎总督河南军政，并令其河南练兵屯田，抚民备战。
如果马士英奉旨乖乖去河南那个荒芜之地的话。
朱由检会在剿除刘良佐且抵达南京后将他调回入内阁。
但是如果马士英还想把控军权，还留在凤阳阻止李邦华剿除刘良佐所部也是抗旨不遵的话，朱由检不介意将他一并除掉。