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建立在元朝基础上的，边疆隐患一时难以解决。北部元朝残余势力鞑靼和瓦剌经常骚扰边境，南方又有“蛮族”叛乱，明廷不得不在南北方同时驻扎大批军队。但是，明朝政府财政一时难以支撑庞大的后勤军需供给，以及漫长的运输线。于是，为减轻朝廷负担，朱元璋决定在各地军事驻地进行屯田。据《明太祖实录》载：洪武二十九年“广西布政使言，新设南丹等卫，岁用军晌二十余万，有所征不能供，帝命置屯田，稗军士耕种”，“三十年，令左都督杨文屯田辽东，而罢海运”。
屯田分军屯和商屯两种。军屯始于明朝建立不久，朱元璋命军士屯田自给，要求卫所军卒，有的负责戍守，有的从事屯垦。据《明史食货志》载，一般情况下，军屯区守城与屯种比例为“边地三分守城，七分屯种。内地二分守城，八分屯种”不过这又因地而异。按规定每军受田五十亩为一分，由国家拨给耕牛、农具，屯田军卒则要向国家缴纳税粮，称为“屯田籽粒”。税粮开始是每亩交一斗，明成祖时定为一斗二升。
明朝建立之初，各卫所屯田总数达89万余顷，永乐元年(1403年)国家得屯田籽粒2345万余石，而同年官民田税粮为3129万石，共计全国税粮5475万余石，屯田籽粒占总税粮的43%，可见明初军屯收效甚大。明代军屯是卫所制的主要内容之一，对巩固地方统治，足食足兵方面起到积极作用。同时，由于军屯过程是一种有组织计划的区域人口迁移，对社会经济发展起到了一定的推动作用。明朝初年，屯田制度减轻了老百姓和朝廷了压力，巩固了边防，对大明王朝的巩固和发展起到了巨大的积极作用。
仁宗年间，为解决边防线上的军粮供应，明朝政府规定商人将粮食运到边防的粮仓，按路途远近，运送数量也可大可小。商人完成定量粮食后，就可从政府换取一小引(200斤)的盐引(买卖凭证)，贩盐获利，称为“开中法”。为获得更多利润，盐商雇人在边地就近屯田，将屯田所得纳仓换盐引。于是商屯快速发展起来。
但是到宣德(1426—1435年)后，随着明王朝政治的日趋腐败，加上各种因素的干扰，开中法难以正常实施，商屯也逐渐衰落。弘治五年（1492年），户部尚书叶淇上疏请废除开中制度，盐商不再输粮，而到运司纳银换取盐引，再由太仓将银分派各边。这就是“年例银两”。在此之前，开中法已弊病丛生，官僚地主肆意侵占屯田，卫所军官压迫和剥削士卒，军中士兵已经苦不堪言，现今刘瑾又把“年例银两”取消，各边士兵更是雪上加霜。这屯田制度到了正德年间，确实也存在了很多的弊端，与太祖当年的制度与施行已经大相径庭，需要大力的整顿。
刘瑾为了给自己克扣年例银两找理由，就将各边士兵的困苦推在各边军屯的腐败上，所以要求各边整顿屯田，在军屯上大明朝廷确实存在顽疾，也非一日所致。从朝廷和士兵的角度考虑，清理屯田、清除顽疾似乎也是一种正义和正确的做法。但各地的屯田主要集中当地的世袭王爷和军中权贵手上，只要清算屯田必然会侵犯到大明权贵们的整体利益，自然会引起大明王朝整个既得利益集团和贵族们的大力反对；更何况刘瑾的目的并不是为了真正解决朝廷和士兵的困境，而是为了更好的敛财，借机排除异己，把握军权。这也是成化、弘治以及兵部都意识到问题所在，而不敢轻易去直接清理顽疾的原因。几代下来，都只能是边安抚边由朝廷给予补助。而朝廷的补助只能靠增加百姓和商业的赋税来填补，久而久之，大明普通百姓的赋税压力也是越来越重，各地农民起义、落草为寇的现象时有发生，此为后话。