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，等到试炼结束之后，便会前往下一个方舟，直到他们的力量被所有方舟的监管者认可之后，就会被传送回到地球，将地表上的腐化清理干净，然后承载着所有地球生物基因的方舟便会重新回到地表，将生命的种子再度洒遍地球。
在这些克隆人中，存在着许多杰出个体，比如海莲娜，李美盈，罗克韦尔等。
在最初的孤岛方舟之中，现代生物学家海莲娜与近代科学家罗克韦尔，兽群女王李美盈结识，并且海莲娜和罗克韦尔在经历了一系列事情之后击败了孤岛方舟的三大boss以及方舟的监管者，来到了焦土方舟，而李美盈则是传送到了畸变方舟。
焦土方舟的故事并没有什么好说的，只是因为这里的克隆人没有上进心导致监管者多次重启方舟，因而环境极其恶劣。
在焦土，海莲娜与结识的伙伴一同击败监管者，因为自己的伙伴不愿离开焦土，于是只和罗克韦尔来到了畸变方舟。
在畸变方舟之中，来自地球联合国的飞行员戴安娜和来自地球联邦的圣地亚哥因为生存而联合在一起，以两人为首的势力使用了一个威力巨大的炸弹杀死了畸变的监管者，同时导致畸变方舟的防护罩被破坏，大量宇宙辐射进入，于是畸变方舟的人类此后无法在白天前往地表。
圣地亚哥之后制造了一个可以传送回地球的传送器，外观是一大堆贯穿了整个方舟连成一条线的圆环。
而李美盈传送到畸变方舟之后，与戴安娜圣地亚哥结识，成为了他们中的一员。
之后，海莲娜和罗克韦尔到来，与李美盈重聚，加入到了戴安娜等人的部落之中。
在畸变方舟之中，罗克韦尔因为心理的缺陷导致心理疾病，为了获得更强大的力量，往自己的身体注射了腐化，海莲娜等人想要阻止他，可是为时已晚，当他们发现罗克韦尔之时，他已经变成了一个畸变的怪物。
最后，海莲娜等人将罗克韦尔击落深渊，但还未来得及确认罗克韦尔的生死，海莲娜便察觉到了畸变方舟即将迎来重启，为了活命，圣地亚哥启动了传送器，将部落传送到了已经被腐化占领的地球。
回到地球之后，海莲娜等人依托之前人类制造的方尖碑维持的几个生态圈生存了下去，但圣地亚哥却在一次出行时遭到了泰坦的袭击。
为了能够在被腐化占领的地表存活下去，圣地亚哥准备设计了一款强大的机甲，同时还有机甲的合体形态力神机甲，用来对付腐化的泰坦，以及腐化集群意识的掌控者，泰坦之王——君王泰坦。
而圣地亚哥等人不知道的是，在他们思考如何对付腐化，让太空的方舟重返地球，让死寂的母星重新布满生命的痕迹时，在太阳系的最外围，一群比起腐化更加可怕千百倍的天灾般的生物，已经降临了！
……
“坐标校正中……”
“折跃已结束！退出折跃状态！”
青古眼前扭曲的时空重新变为正常状态，扭曲成一堆线段的繁星也终于是变回了星光璀璨的星空。
“君王泰坦，进行自检！”
青古没有下其他命令，而是首先让君王泰坦自检。
“生物聚变引擎自检完毕！状态良好！”
“外层角质防御层自检完毕！状态良好！”
“飞龙孵化仓自检完毕！状态良好！”
……
“孢子投射器自检完毕！状态良好！”
这次的君王泰坦和青古可就没有第一次折跃时那么狼狈了，君王泰坦这次有了生物灵能折跃信标，同时自身实力加强，因此在折跃过程中避开了绝大多数的空间乱流，就算是误入少量小型的空间乱流受伤，凭借强大的自愈能力也可以迅速恢复。
“君王泰坦，使用灵能探测，
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