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其他法家遗着的合编，此书非作于一人，也非写于一时，持这种看法的有高亨等人。有人也提出的看法是，前两种意见有些牵强，第三种意见有一定道理。《韩非子·五蠹》篇说：今境内之民皆言治，藏商、管之法者家有之。这说明商鞅确着有此书。
作品目录
《汉书·艺文志》着录《商君》二十九篇。《隋书》《旧唐书》《新唐书》《宋史》或着录《商君书》，或着录《商子》，皆曰5卷。宋代郑樵《通志·艺文略》、晁公武《郡斋读书志》都说“今亡三篇”，陈振孙《直斋书录解题》则说“今亡其一”，可能是他们所见的版本不同，因而所记的缺佚篇数也不一样。
而今，《商君书》共有26篇，其中两篇只有篇目而无内容，加上《群书治要》卷36引《商君书·六法》中一段，实际只有24篇半。《诸葛武侯集》中始有《商君书》之名，又称《商子》，现有26篇，其中第16篇存目无文，第21篇有录无文，实存24篇。
第一篇更法
第十篇战法
第十九篇境内
第二篇垦令
第十一篇立本
第二十篇弱民
第三篇农战
第十二篇兵守
第二十一篇御盗[缺失]
第四篇去强
第十三篇靳令
第二十二篇外内
第五篇说民
第十四篇修权
第二十三篇君臣
第六篇算地
第十五篇徕民
第二十四篇禁使
第七篇开塞
第十六篇刑约[缺失]
第二十五篇慎法
第八篇壹言
第十七篇赏刑
第二十六篇定分
第九篇错法
第十八篇画策
版本
《商君书》有严万里校本，近人朱师辙撰有《商君书解诂定本》，王时润撰有《商君书集解》。
革新变法
革新变法是法家思想的精髓。《更法》篇详细记述了商鞅与甘龙、杜挚在秦孝公面前争论变法的问题。
针对秦孝公怕变更法度、改革礼制受天下人非议的想法，商鞅说：“行动迟疑就不会有名，做事犹豫就不会成功。我劝君王还是赶快下决心变更法度吧，不要怕别人的批评议论。法度是爱护人民的，礼制是利于国事的。所以圣人治国，只要能使国家强盛，就不必沿用旧的法度；只要有利于人民，就不必遵守旧的礼制。”针对甘龙“因袭人民的旧礼俗去施行教化，不费什么事就能成功。依据旧法度治理国家，官吏既很熟悉，人民也能相安”的说法，商鞅说：“这都是俗人的言论。”